Fondata il 24 settembre 1946, la squadra fu promossa per la prima volta in Serie A nel 1954. Ha disputato 17 campionati italiani di massima serie, ottenendo come migliore piazzamento l’ottavo posto negli anni 1961, 1964, 1965 e 2013.

Gli anni Cinquanta.
Dopo tre anni in Serie C, arrivò la promozione in B al termine del campionato 1948-49. In questa stagione infatti, nonostante la sconfitta nello spareggio finale contro l’Avellino, un caso di illecito sportivo penalizzò la squadra irpina spalancando le porte della Serie B alla società rosso azzurra.

Il raggiungimento della massima serie venne però rimandato di una sola stagione: nel 1953-1954 la squadra venne promossa per la prima volta in Serie A, avendo vinto il campionato grazie anche al contributo di giocatori come Mario Bassetti, Michele Manenti, Enzo Bearzot (futuro commissario tecnico della Nazionale) e del portiere Antonio Seveso.

Nel suo primo campionato di A il Catania, ottenne un buon 12º posto, ma a causa di un controverso caso d’illecito sportivo venne retrocesso in Serie B. Nel 1959-60 arriva il ritorno in A dopo aver conseguito il terzo posto. L’allenatore Carmelo Di Bella conduce alla promozione una squadra che ha nel duo di centrocampo Alvaro Biagini e Amilcore Ferretti e nella mezzala Adelmo Prenna i suoi maggiori punti di forza.

Gli anni Sessanta.
Tra il 1960 e il 1966 il Catania disputò sei stagioni consecutive nella massima serie, ottenendo per tre volte l’ottavo posto. In questi anni, il Catania si contraddistinse per alcune vittorie di assoluto prestigio, come quelle sulla Juventus per 2-0 nel 1961-62 e per 1-0 a Torino l’anno dopo, o quella sull’Inter di Helenio Herrera nel 1960-61, che fece coniare a Sandro Ciotti la famosa espressione “Clamoroso al Cibali”.

Gli anni Settanta.
Gli anni Settanta si aprono subito con la figura di un nuovo presidente, Angelo Massimino. Dopo il primo anno disputando onorando il campionato, nella stagione successiva il Catania retrocedette in serie B. Dopo anni burrascosi trascorsi in serie C, la squadra etnea nella stagione 1979-1980, torna finalmente in serie B dominando il campionato.

Gli anni Ottanta.
Nella stagione 1982-83 il Catania ottiene la sua quarta promozione in Serie A al termine di una stagione sofferta. In questa stagione arriveranno solo una vittoria, otto pareggi e diciassette sconfitte. Di fatto la squadra rosso azzurra retrocedette in serie B. Da quel momento iniziò un declino che porterà la squadra nuovamente in Serie C1 nel 1987-88. Dopo alterne vicende, ci vorranno 15 anni per tornare nelle categorie superiori.

Gli anni Novanta.
Sono gli anni più burrascosi per la città di Catania. Dopo sei campionati di Serie C1, nel 1993 il Catania Calcio viene radiato dalla FIGC per inadempienze finanziarie. La battaglia legale che segue stabilì  che la società non era fallita ma doveva ripartire (in ritardo) dall’Eccellenza. Ripescati il primo anno, vittoriosi il secondo anno nel Campionato nazionale dilettanti 1994-95, dopo un testa a testa con il Milazzo, battuto nel girone di ritorno in trasferta per 2-1 con le reti di Maurizio Pellegrino e Domenico Crisafulli. Nel 1996 muore il presidente Angelo Massimino in un incidente stradale. Il Catania riconquista la Serie C1 solo al termine della stagione 1998-99, ancora una volta dopo un altro testa a testa sempre contro una compagine peloritana, il Messina. Il Catania era guidato in panchina da Piero Cucchi.

Gli anni Duemila, dalla B alla A.
In questi anni la società attuò un passaggio di consegna societario e la nuova presidenza fu quella dei Gaucci. Patron divenne Luciano Gaucci e presidente suo figlio Riccardo.

Nella stagione 2001-2002 arriverà la promozione in serie B. Dopo diversi anni nella serie cadetta, vi fu un altro cambio societario. I Gaucci cedettero la società all’imprenditore locale, Antonino Pulvirenti. Alla prima stagione, nel 2004-2005, l’amministratore delegato Pietro Lo Monaco  deve praticamente rifondare la società ed il gruppo. Dall’Acireale arrivano in blocco Maurizio Anastasi, Massimo Lo Monaco, Ciro Polito, Orazio Russo, Andrea Suriano e l’allenatore Maurizio Costantini. Poi vengono presi alcuni giocatori di rilievo per la categoria, ma ciò non bastò per ottenere la promozione.

I “rossoazzurri” riuscirono a centrare la promozione il 28 maggio 2006  dopo un’assenza di 22 anni in serie A, 23 dall’ultima promozione. grazie al successo in casa per 2-1 sull’Albinoleffe con reti di Gionatha Spinesi ed Umberto Del Core.

Dopo la storica promozione nella massima serie, il Catania rimane in serie A per otto anni, raggiungendo di fatto due record. La più lunga permanenza in serie A e il miglior piazzamento, nella stagione 2012-2013 (ottavo posto) sotto la guida di Rolando Maran.

Stagione 2013/2014 La retrocessione.
Dopo aver stabilito il record di punti e di miglior piazzamento, il Catania disputò il campionato 2013/2014 perdendo molte partite e conquistando solo una vittoria esterna a Bologna. La matematica non fece sconti e la società di Pulvirenti e Cosentino, retrocesse nuovamente in B.